Mathias Bonhoeffer wurde im August 1958 in Göttingen geboren. Nach dem Abitur leistete er seinen Zivildienst und begann den Studiengang Sonderpädagogik an der Universität Köln. Während dieser Zeit entschloss er sich, seiner eigentlichen Berufung zu folgen, und nahm das Studium der Evangelischen Theologie an der Universität Bonn auf. Der Gemeinde der Lutherkirche ist er seit 2001 bekannt, wo er zunächst als Pastor im Sonderdienst tätig war.
In dieser Zeit entwickelte er im Rahmen der Passio das Gottesdienstformat zum Gründonnerstag, das er in jedem Jahr an der Lutherkirche gestaltet.
Pfarrer Mathias Bonhoeffer ist der Großneffe von Dietrich Bonhoeffer und auch von Hans von Dohnanyi, die im Dritten Reich beide zur Widerstandsbewegung des 20. Juli 1944 gehörten und beide kurz vor Kriegsende von den Nationalsozialisten ums Leben gebracht wurden.
Seine Einführung als Pfarrer der Kartäuserkirche der Kölner Südstadt erhielt Mathias Bonhoeffer zu Pfingsten 2006. Dort widmet er sich u. a. der Kinder- und Jugendarbeit. Zur Zeit ist er der Vorsitzende des Presbyteriums.
Mathias Bonhoeffer ist verheiratet und Vater von fünf Kindern.
Einige seiner Predigten finden Sie unter Zur Sache: Bonhoeffer
Artikel vom 15.12.2014 Bestattungen ohne Angehörige in der Kölnischen Rundschau